Este fondo está dotado con 6.108 millones de euros en ayudas para los sectores de la pesca, la acuicultura, la transformación y la comercialización. De esta cantidad, más de 1.120,44 millones corresponden a España, el primer país perceptor del FEMPA, con un 21,1 % del presupuesto del fondo en gestión compartida.
El programa operativo español se ha desarrollado en el marco de las estrategias del Pacto Verde Europeo, de la Política Pesquera Común, los Objetivos de Desarrollo Sostenible de la Agenda 2030 y la política marítima de la Unión Europea, ya que la sostenibilidad será el eje fundamental para cualquier tipo actuación que se financie a través de este fondo.
El reparto de la dotación financiera del FEMPA de España entre las comunidades autónomas se acordó en la Conferencia Sectorial de Pesca en julio de 2021, cuyo apoyo financiero se destinará, por bloques temáticos, de la siguiente manera: el 49,1 % a pesca, el 37,6 % a acuicultura, transformación y comercialización, el 10% para el Desarrollo Local Participativo y el 3,3 % para la gobernanza internacional de los océanos y asegurar unos mares y océanos seguros, protegidos, limpios y gestionados sosteniblemente.
En la citada Conferencia Sectorial se decidió asignar a la Administración General del Estado 233,4 millones de euros y 886,6 millones de euros a las comunidades autónomas.